Aatelistosta koostuva valtaneuvostosta tuli pysyvä valtioelin joka oli koolla Tukholmassa. Valtaneuvoston alaisina toimivat kollegiot ja niiden puheenjohtajat olivat valtaneuvoston jäseniä.
Ylintä toimeenpanovaltaa käytti kuningas ja keskusvirastot eli kollegiot.
Keskushallinto
Kuningas Valtaneuvosto
Kansliakollegio
Kamarikollegio
Sotakollegio
Amiraliteettikollegio
Vuorikollegio
Kauppakollegio
Svean hovioikeus
Paikallishallinto
Paikallishallinto oli jaettu lääneihin ja hallinnon ylimpänä virkamiehenä oli maaherra, jonka apuna toimi lääninhallitus.
1600-luvun lopussa Suomessa oli viisi lääniä:
Pohjanmaan, Turun, Uudenmaan ja Hämeen, Viipurin ja Käkisalmen läänit
Kihlakuntien johtajina toimivat voudit, joiden pääasiallinen tehtävä oli veronkanto.
Hallintopitäjien johdossa toimivat nimismiehet.
Paikallishallinto
Läänit
Maaherra Lääninhallitus
Kihlakunnat
Vouti
Hallintopitäjät
Nimismies
Kenraalikuvernöörit
Kuningatar Kristiinan holhouskaudella Suomesta tehtiin tilapäisesti kenraalikuvernöörikunta. Paikallisia virkamiehiä valvomaan lähetettiin Tukholmasta kenraalikuvernööriksi kreivi Pietari (Per) Brahe. Hän toimi tehtävässään vuosina 1637-1642 ja 1648-1654.
Pietari Brahen toimesta järjestettiin Suomeen säännöllinen postinkuljetus, perustettiin Turun yliopisto 1640 ja 9 kaupunkia: